序序论第一果实第二（二十九条）菜蔬第三（五十八条）谷米第四（二十七条）鸟兽第五（四十条）
伤寒审证表
伤寒兼证析义
十二经补泻温凉引经药歌
序卷上一、道生二、阴阳六十四卦、方圆二图三、色诊四、脉诊五、藏象卷下一、经络二、治则三、病能
序刻脉症治方序刻脉症治方小言脉症治方凡例卷之一风门（中风瘫痪疠风惊风附 伤风）中风（附瘫痪疠风惊风）伤风卷之一寒门（伤寒 中寒 瘟疫大头病附 内伤脾胃附）伤寒中寒温疫（大头病附）内伤（脾胃附）卷之二暑
序序例第一案~第九案第十案~第十九案第二十案~第二十九案第三十案~第三十九案第四十案~第四十九案后记
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
原序上卷胎前总论恶阻胎动不安胎动腹痛胎漏下血漏胎跌扑动胎小便带血子淋子肿子满子悬子烦子嗽子疟子痫子喑外感风寒霍乱吐泻下痢热症因怒满闷小腹重坠作痛小腹虚胀闭滞胎冷腹痛欲泻胎惊心悸气促胀痛不安头眩目晕痰壅
序重刻序卷一升降部围药部内消部内护部卷二化毒部点头部拔毒部去腐部止痛部生肌收口部去管部膏药部卷三疔疮部喉症部诸疮部卷四疮部癣疮部痔疮部口牙部鼻耳部脚部补遗