史序凡例卷一风暑湿燥温热卷二咽喉耳目口齿咳嗽咳血喘胸痹虚劳不寐心悸健忘卷三肝风呕吐噎格脘痛腹痛泄泻痢疟卷四肿胀遗精遗尿淋浊疝气疮疡调经带下胎前产后
序序刻孙真人眼科秘诀序卷之一孙真人眼科总理七十二症秘诀冲和汤玄灵圣方制炉甘石药开明汤十大将军冲翳散揭障丹十二将军二圣散论二圣散扫雾丹制蕤仁之法大决明散赛宝丹调合赛宝丹法补脑还精丸外治烂弦迎风有泪方卷之
序新刻药鉴卷之一寒热温平四赋，增补东垣未尽之意药性（寒门）药性（热门）药性（温门）药性（平门）新刻药鉴卷之一用药分根梢制药资水火用药丸散例解药毒法用药生熟法药性阴阳论病症标本论取方之法论各经补泻及专主
简介自序凡例卷首卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九卷十卷十一卷十二卷十三卷十四卷十五卷十六
序叙论痈疽发背第一服药通变方第二荣卫返魂汤用敷贴温药第三冲和仙膏敷贴热药第四回阳玉龙膏敷贴凉药第五洪宝丹合用诸方第六黄矾丸柞木饮子三石散栝蒌散真君妙贴散追风丸搜损寻痛丸复煎散神锋散乌金散索血散葛根汤散
原序一原序二原序三自序医道积习通弊论辨治温热病中宜用白虎汤并不伤人以解世俗之惑，并明概投附、桂、干姜杀人之误卷一·礼集草部甘草生地黄熟地黄麦门冬天门冬葳蕤玄参沙参贝母知母天花粉百部款冬花紫菀郁金桔梗茅
总论调理精血论直指真源论男女服药论交会宜忌日诊妇人有妊歌妊娠杂病并产生死二歌余不能尽录也调元调经安胎便产转女为男法附方集验方广嗣附方附论一篇论童壮论衰老
洄溪医案
自序例言卷一禀赋源流总论摄养为本总论卷二阴阳脏腑总论卷三营卫经络总论卷四上四诊合参总论卷四下经解格阳关阴脉脉应四时阴阳脉候部位脉象辨病诊脉察色观形经脉应四时十二月五脏绝脉五脏脉象辨脉平病死旺之象辨平病
卷一九针原始歌九针式图并九针主治法歌行针次第手法歌行针分寸法歌十二经井荥俞经合原刺浅深歌五脏井荥俞经合歌六腑井荥俞原经合歌十二经表里原络总歌肺经表里原络穴主治歌大肠经表里原络穴主治歌脾经表里原络穴主治