正文以上发明病根，是本段之前半截。下乃备引经义，以证其实而足其理。以上论理升降出入，是病机也。推病根，为第二段。以上推论化气，发明标本，是补足前半篇义理，为第三段。以下论五味补泻治法，退出通篇，为第四
叙卷上伤寒论难读并宜补大旨三阳三阴分经名义伤寒重病多是下焦伏寒伏寒触发与伤寒时温脉证并病机异同即病伏气直中传经四证异同晚发是伤寒正病两感有三水气凌心即是三焦伤伤寒杂病皆有之无端暴喘即是寒入命门伤寒杂病
序序八穴灸法头部二穴手部二穴背腹部二穴足部二穴梓桑君针道传宗图（缺）百穴法歌折量法补泻手法穴法图寅手太阴肺经卯手阳明大肠经辰足阳明胃经巳足太阴脾经午手少阴心经未手太阳小肠经申足太阳膀胱经酉足少阴肾经戌
十剂表
医方简义
第1部分第2部分第3部分第4部分
叙言卷一调经古今方十九首种子时方三首外备方三首卷二胎前金匮方八首时方九首卷三产后金匮方论一十一首卷四杂病金匮方一十九首外科眼目瘰乳痈乳岩（附）乳缩乳卸附∶妇人阴挺论续记
重修本草之记重修证类本草序政和新修经史证类备用本草序证类本草所出经史方书卷第一嘉补注总叙本草图经序开宝复位序唐本序梁·陶隐居序上合药分剂料理法则补注所引书传林枢密重广本草图经序雷公炮炙论序新添本草衍义
序卷上辩血辩气辩两肾辩三焦辩包络辩督脉辩脏腑阴阳辩九窍辩七门春伤于风夏生飧泄，秋伤于湿冬生咳嗽冬伤于寒春必病温，夏伤于暑秋必疟亢则害承乃制制则生化上部有脉下部无脉，其人当吐不吐者死东方实西方虚，泻南方
咽喉总论条目辨喉证附方咽喉七十二证考