序自序上集伤寒正名论王叔和辟泥四时论病之谬辟泥日数分经之谬论陶节庵论吴又可诸家编次司天运气分别阴阳十二经离合察脉大法寸口脉论趺阳少阴脉论脉分阴阳死生论仲景六经辨证与内经热病论互异辨中风一辨中风二辨中风
序叙卷之一·元集总论辨眼症虚实论辨眼疼有虚实论辨药宜忌论辨热症有虚实气不同论辨五轮病源用药论辨五轮生克论辨心火克肺金白珠生赤丝论辨肺金克肝木黑睛生翳膜论辨眼内生云翳用凉药难退论辨眼珠生翳膜滋肾更甚论辨
卷之一上草部（山草类）人参珠儿参会兰参潞党参西洋参东洋参高丽参北沙参桔梗甘草葳蕤黄精黄蓍白术苍术天麻秦艽柴胡银州柴胡前胡川独活川独活川独活川独活北细辛远志金毛狗脊淫羊霍巴戟天琐阳肉苁蓉肥白芨参三七地榆
首序自序性命篇上性命篇下补遗篇一补遗篇二辟邪篇太极图说注解序周子太极图（缺）无极而太极后跋
书《玉机微义》后序兰室集·医家十要兰室誓戒戒行吟调鼎吟风火暑湿燥寒发热腹痛头痛腰痛胁痛心痛牙疼眼目泻痢疟（又名）咳嗽吐衄血溺血下血诸气漏淋小水不禁（详淋）喉痹诸疮漏疮疥风癣痔疮疮疝香港脚转筋痿内伤痰饮
序一序二序三序四卷一（礼集）正医法反医法顺医法逆医法内治法外治法完治法碎治法大治法小治法偏治法全治法生治法死治法卷二（乐集）上治法中治法下治法先治法后治法急治法缓治法本治法末治法不内外治法阴治法阳治法
序刻脉症治方序刻脉症治方小言脉症治方凡例卷之一风门（中风瘫痪疠风惊风附 伤风）中风（附瘫痪疠风惊风）伤风卷之一寒门（伤寒 中寒 瘟疫大头病附 内伤脾胃附）伤寒中寒温疫（大头病附）内伤（脾胃附）卷之二暑
序卷之一诸中门中风中气中寒中暑中湿中恶厥卷之二诸伤门伤风寒伤暑伤湿伤酒伤食伤食泻卷之三诸气门七气痞塞积聚肿蛊胀香港脚阴气手气小肠气卷之四诸血门鼻衄舌衄肌衄牙宣吐血咯血嗽血小便血破伤血（见疮毒 扑证）大
序凡例卷一·慎疾法语省身修德卫生总要饮食宜忌养生铭保命箴寡欲说延年六字诀惜三宝益五脏先时加谨摄生要言勿药须知十二段动功行功六字静功解十二时病为善去疾吕祖治百病符卷二·杂症头疾面疾眼疾耳疾鼻病口病唇病舌
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一