绪言第一卷温热总论论温热四时皆有（添加）论温热五种辨法论温热与风寒各异论温热伏气与新感不同（添加）论温热即是伏火（添加）论湿火之症治论燥火之症治论温热本症疗法（添加）论温热兼症疗法其一兼风其二兼寒其三
序上卷背痈论肺痈论无名肿毒论对口疮论脑疽论囊痈论臂痈论乳痈论肚痈论恶疽论疔疮论唇疔论鬓疽论下卷杨梅疮论腰疽论瘰论顽疮论脚疽论痔漏论大肠痈论小肠痈论
《仁斋直指》序卷之一总论五脏所主论五脏病证虚实论诸阴诸阳论血营气卫论脉病逆顺论男女气血则一论问病论论《易简方论》附∶原脉论（出《保命集》）附论五篇（出《丹溪心法》）附∶十二经脉歌火湿分治论虚实分治论附
卷上伤风伤寒中暑中湿风寒俱中内外伤寒一切汗候传染表证里证表里证汗后不解下后不解在上涌之在下泄之合病两感病头疼身疼腹胀满痛往来寒热潮热自汗自利并误下小便不利呕吐吐泻喘嗽渴烦躁懊虚烦不得眠留饮痞结胸血证谵
养生类要
柳选四家医案
明堂灸经
醉花窗医案
正文太虚理气天地阴阳歌五行质气生克制化歌运气合脏腑十二经络歌主运歌主气歌客运歌客气司天在泉间气歌运气分主节令歌五音主客太少相生歌五运齐化兼化六气正化对化歌六十年运气上下相临歌起主客定位指掌歌天符太乙天
卷第一中风六郁癞寒伤寒暑注夏暑风湿内伤火伤风发斑疹温病疟咳嗽痰喘哮痢禁口痢泄泻脾泄霍乱干霍乱呕吐恶心翻胃伤食痞嗳气吞酸嘈杂五疸消渴泄泻水肿鼓胀自汗盗汗吃逆头风头痛头眩眩晕眉棱痛耳聋卷第二心痛腰痛胁痛腹